Bis 2009 wurde die Auswahl der Preisträger ein Jahr vorher vorgenommen und im darauffolgenden Jahr verliehen. Auf dem Preisträgertreffen im Jahr 2010 wurden 2 Preise verliehen, einer an Derya Tilki, die 2009 ausgewählt wurde, und der zweite an Peter Albers, der im Jahr 2010 ausgewählt wurde.

Ab 2011 fanden Auswahl und Ernennung stets im gleichen Jahr statt. Das Programm besteht aus wissenschaftlichen Vorträgen der Teilnehmer sowie der Hans Flohr Lecture mit einem traditionell nicht-wissenschaftlichen Thema.

Teilnahmeberechtigt sind der Beirat der C. E. Alken-Stiftung, alle bisherigen C. E. Alken-Preisträger, deren eingeladene Gäste sowie die Anwärter auf den aktuellen C. E. Alken-Preis.